Peranan Merugikan Bakteri (Kingdom Monera)
1). Pembusukan makanan. Contohnya Clostridium botulinum.
2). Penyebab penyakit pada manusia. Contohnya Mycobacterium tuberculosis (penyebab penyakit TBC), Vibrio cholerae (penyebab kolera atau muntaber), Clostridium tetani (penyebab tetanus), dan Mycobacterium leprae (penyebab lepra).
3). Penyebab penyakit pada hewan. Contohnya Bacillus anthracis (penyebab penyakit antraks pada sapi).
4). Penyebab penyakit pada tanaman budidaya. Contohnya Pseudomonas solanacearum (penyebab penyakit pada tanaman tomat, lombok, terung, dan tembakau), serta Agrobacterium tumafaciens (penyebab tumor pada tumbuhan).
Peranan Cyanophyta Yang Merugikan
Cyanophyta yang merugikan manusia sebenarnya berkaitan dengan perbuatan manusia juga. Cyanophyta dapat hidup pada lingkungan dengan kadar fosfat dan nitrogen yang tinggi. Kadar fosfat dan nitrogen yang tinggi pada suatu lingkungan perairan sering diakibatkan oleh pencemaran limbah industri dan pertanian.
Kondisi lingkungan demikian dapat mengakibatkan tumbuhnya Cyanophyta secara berlimpah. Limpahan Cyanophyta dapat menutupi permukaan perairan sehingga sinar matahari dan oksigen yang dibutuhkan jenis organisme di dalam perairan berkurang. Selain itu, limpahan Cyanophyta menghasilkan racun yang dapat membunuh berbagai jenis ikan dan organisme perairan lainnya
