Tipe substrat dasar perairan pesisir ditentukan oleh arus dan gelombang. Disamping itu juga oleh kelandaian (slope) pantai. Pada daerah pesisir dengan kecepatan arus dan gelombang yang lemah, substrat cenderung berlumpur. Daerah ini biasa terdapat di daerah muara sungai, teluk atau pantai terbuka dengan kelandaian yang rendah. Sedangkan pada daerah pesisir yang mempunyai arus dan gelombang yang kuat disertai dengan pantai yang curam, maka substrat cenderung berpasir sampai berbatu.
Perbedaan utama dengan wilayah pesisir dengan substrat berpasir adalah pantai berlumpur tidak dapat berkembang dengan hadirnya gerakan gelombang. Oleh karena itu, daerah pesisir dengan pantai berlumpur hanya terbatas pada daerah intertidal yang benar-benar terlindung dari aktivitas gelombang laut terbuka. Pantai berlumpur dapat berkembang dengan baik jika ada suatu sumber partikel sedimen yang berbutiran halus.
Ukuran partikel yang sangat halus disertai sudut dasar sedimen yang amat datar menyebabkan air didalam sedimen tidak mengalir keluar dan tertahan didalam substrat. Pantai berlumpur cenderung untuk mengakumulasi bahan organik, sehingga cukup banyak makanan yang potensial bagi organisme pantai ini. Namun, berlimpahnya partikel organik yang halus yang mengendap didataran lumpur juga mempunyai kemampuan untuk menyumbat permukaan alat pernafasan.
Kebanyakan organisme yang menempati daerah berlumpur menunjukkan adaptasi dalam menggali dan melewati saluran yang permanen dalam substrat. Kehadiran organisme ditunjukkan oleh adanya berbagai lubang dipermukaan dengan ukuran dan bentuk yang berbeda. Ketika organisme berada di dalam substrat, mereka harus beradaptasi untuk hidup dalam keadaan anaerobik atau harus membuat beberapa jalan yang dapat mengalirkan air dari permukaan yang mengadung oksigen ke bawah. Makrobentos memiliki penyebaran yang lebih luas karena mampu beradaptasi dengan air tawar maupun air laut dengan tekstur sedimen lunak dan keras.
