Keberadaan hewan benthos pada suatu perairan, sangat dipengaruhi oleh berbagai faktor lingkungan, baik biotik maupun abiotik. Faktor biotik yang berpengaruh terhadap kehidupan benthos diantaranya adalah fitoplankton sebagai produsen yang merupakan salah satu sumber makanan utama bagi hewan benthos.
Adapun faktor abiotik yang berpengaruh terhadap kehidupan benthos adalah kondisi fisika-kimia air yang diantaranya: suhu, arus, pasang surut, oksigen terlarut (DO), kebutuhan oksigen biologi (BOD) dan kimia (COD), kandungan nitrogen (N), kedalaman air, dan substrat dasar.
Suhu merupakan fungsi dari intensitas energi panas. Suhu perairan sangat berpengaruh pada suhu tubuh benthos. Kenaikan suhu akan menyebabkan kenaikan metabolisme benthos, sehingga kebutuhan oksigen terlarut menjadi meningkat.
Kenaikan suhu perairan 10 °C akan meningkatkan kecepatan metabolisme 2 kali lipat. Perubahan suhu dapat mempengaruhi perubahan komposisi hewan benthos pada suatu perairan atau mempengaruhi kelimpahan dan keanekaragamannya baik cepat ataupun dengan perlahan.
Arus merupakan faktor yang membatasi penyebaran organisme benthos di suatu perairan. Pergerakan arus merupakan hal yang penting di perairan dangkal subtidal. Pengaruh arus membuat partikel dan nutrien bersirkulasi sehingga tercukupi sumber makanan bagi biota yang hidup di perairan tersebut termasuk benthos.
Arus yang kecil menyebabkan benthos jarang ditemui terhempas di pantai. Sehingga secara ekologi, arus laut yang lebih kecil menunjang kelangsungan hidup benthos dan memudahkan penelitian identifikasi benthos.
Derajat keasaman (pH) digunakan untuk menggambarkan kondisi asam dan basa suatu lingkungan. Selain berpengaruh langsung terhadap organisme benthos di perairan, pH juga berpengaruh secara tidak langsung, melalui daya racun dari bahan pencemar. Setiap jenis benthos atau organisme perairan lainnya mempunyai toleransi yang berbeda-beda terhadap nilai pH.
Namun pada umumnya biota air dapat hidup layak pada kisaran pH 5 – 9. Jika perairan mengalami perubahan yang mendadak sehingga nilai pH melampaui kisaran tersebut, akan mengakibatkan tekanan fisiologis biota yang hidup di dalamnya dan berakhir dengan kematian.
Kedalaman perairan mempengaruhi jumlah dan jenis hewan benthos. Secara teori dikatakan bahwa perbedaan variasi dari jumlah spesies antara kedalaman 0,2 – 4 m adalah kecil. Secara tidak langsung kecerahan perairan juga akan mempengaruhi komunitas benthos di perairan.
Interaksi antara kekeruhan dengan kedalaman akan mempengaruhi penetrasi cahaya matahari sehingga produktifitas mikroalga bentik yang merupakan salah satu sumber makanan hewan benthos akan terganggu.
Komposisi hewan benthos tergantung pada sumber makanan yang tersedia. Perairan yang keruh dapat mempengaruhi keberadaan populasi hewan benthos, karena partikel tersuspensi dapat mengganggu sistem pernafasan pada insang akibatnya akan menggangu pertumbuhannya.
Keadaan substrat dasar juga sangat berpengaruh terhadap keberadaan benthos pada suatu perairan. Substrat dasar yang dimaksud adalah tekstur dasar perairan tempat benthos melekat. Subtrat berpasir tidak menyediakan tempat yang stabil bagi organisme karena aksi gelombang secara terus menerus menggerakkan pertikel subtrat.
Tekstur dasar sangat dipengaruhi oleh kecepatan arus, apabila arus di tempat tersebut kuat maka partikel yang berukuran besar akan mengendap lebih dahulu. Sebaliknya apabila arusnya lemah maka partikel yang berukuran kecil yang akan banyak dijumpai di daerah tersebut.
Salinitas akan mepengaruhi penyebaran benthos karena organisme laut hanya dapat beradaptasi terhadap perubahan yang kecil dan lambat. Adaptasi terkait salinitas umumnya menyangkut kemampuannya dalam merubah tekanan osmotik di dalam tubuh benthos agar sesuai dengan lingkungannya.
Fluktuasi salinitas di perairan dapat menyebabkan peningkatan rata-rata metabolisme di atas tingkat normalnya. Untuk dapat hidup normal hewan bentos harus berada pada rentangan salinitas antara 25 - 40‰.
Bahan organik merupakan salah satu komponen penyusun sedimen yang berasal dari sisa-sisa makluk hidup. Keberadaan bahan organik diperlukan secara langsung maupun tidak langsung oleh benthos. Penggunaan secara langsung misalnya bahan organik diperlukan benthos sebagai bahan makanan.
Pemanfaatan secara tidak langsung misalnya benthos memakan fitoplankton yang tergantung pada bahan organik untuk pembuatan makanan sendiri. Sumber penting bahan organik dilautan berasal dari muara sungai. Sebagian lagi berasal dari lautan itu sendiri.
