Sel eukariotik sering juga disebut sel sejati (eu=sejati, karion=nukleus). Sel eukaryotik adalah sel yang nukleusnya dibungkus oleh membran nukleus sehingga isi nukleus tidak bercampur dengan sitoplasma. Semua sel tumbuhan dan hewan serta beberapa organisme tingkat tinggi lainnya umumnya tubuhnya tersusun dari sel eukariotik.
Disamping itu, terdapat juga sel yang lebih sederhana yang disebut sel prokariotik. Sel-sel yang termasuk golongan prokaryotik memiliki nukleus yang tidak dilapisi membran nukleus, sehingga substansi nukleus bercampur atau mengadakan hubungan langsung dengan sitoplasma. Daerah nukleus yang mengandung material genetik disebut nukleoid. Contoh sel prokariotik antara lain mycoplasma, bakteri dan ganggang biru.
Beberapa perbedaan pokok antara sel prokariotik dengan sel eukariotik dapat dirangkum sebagai berikut :
1). Ukuran sel prokariotik antara 1-10 µ, sedangkan ukuran sel eukariotik antara 10-100 µ.
2). Materi genetik berupa DNA pada sel prokariotik tidak terikat dengan protein pada kromosom, sedangkan pada sel eukariotik DNA terikat dengan protein pada kromosom.
3). Pada el prokariotik nukleoid tidak terbungkus oleh membran, sedangkan pada sel prokariotik nukleus terbungkus oleh membran.
4). Ribosom terdapat bebas dalam sitoplasma pada sel prokariotik, sedangkan pada sel eukariotik ribosom ada yang terdapat bebas pada sitoplasma, ada pula yang terikat pada reticulum endoplasma.
5). Pada sel prokariotik tidak dijumpai adanya sentriol, sedangkan pada sel eukariotik sentriol terdapat pada sel hewan.
6). Bila ada alat gerak pada sel prokariotik hanya berupa flagelum sederhana, sedangkan pada sel eukariotik alat geraknya berupa silia atau flagelum yang komplek.
7). Pembelahan sel pada sel prokariotik umumnya secara amitosis, sedangkan pada sel eukariotik pembelahan selnya secara mitosis atau meiosis.
8). Penyerapan nutrisi pada sel prokariotik umumnya secara absorbsi, sedangkan pada sel eukariotik penyerapan nutrisi secara absorbsi, endositosis dan fotosintesis.
