Sampai saat ini telah ditemukan lebih dari 4500 enzim dalam organism hidup. Dan jumlah ini akan terus bertambah. Dalam pemberian nama biasanya didasarkan atas nama substrat yang ditindaknya, atau tipe reaksi yang dikalisisnya ditambah akhiran -ase. Contoh protease, karbohidrase, lipase, oksidase, reduktase.
International Union of Biochemistry memberi nama yang lebih panjang dan lebih deskriptif atas kerja enzim tersebut. Misal, enzim Sitokrom-oksidase, diberi nama : Sitokrom C : D2 Oksidoreduktase, yang menunjukkan bahwa sitokrom tertentu yang elektronnya diambi] itu adalah tipe-C dan molekul oksigen adalah akseptor elektron, kerja oksidasi - reduksi.
