Pengorganisasian merupakan hasil polarisasi pembelahan sel dan spesialisasi sel tumbuhan. Tetapi pengorganisasian jaringan menjadi organ lebih dari itu, karena pada tahap ini pola-pola pertumbuhan tumbuhan yang berbeda harus diatur pada tingkat reaksi-reaksi sel secara individual untuk dapat mengontrol bentuk dan ukuran.
Telah diketahui bahwa auksin dibentuk di pucuk koleoptil rumput- rumputan, dan bergerak ke arah bawah. Kejadian seperti ini sangat umum dalam tumbuhan, yaitu auksin bergerak dari pucuk ke bagian basal tumbuhan (angkutan basipetal), dan bukan dari basal ke pucuk ( akropetal). Angkutan polaritas ini selalu dipelihara, bahkan apabila tumbuhan dipotong dan diletakkan terbalik, bagian basal akan menghasilkan akar dan bagian pucuk akan menghasilkan tunas.
Zat-zat pengatur tumbuh lainnya tidak melakukan angkutan polar seperti auksin. Giberelin bergerak sangat cepat diseluruh bagian tumbuhan tanpa ada batasan. Sitokimim bergerak relatif lebih lambat dan diangkut dari akar ke bagian pucuk tumbuhan. Semua pergerakan hormon-hormon ini memerlukan energi metabolik yang dihasilkan dari respirasi.
Apabila peristiwa-peristiwa morfologi terjadi, biasanya hormon terlibat. Sebaliknya apabila hormon diberikan pada tumbuhan, berbagai peristiwa morfologi dan perkembangan akan terjadi. Pengaruh auksin yang menyebabkan awal perakaran sudah banyak diketahui dan digunakan secara komersial untuk merangsang perakaran potongan batang.
