Dalam suatu reaksi kimia senyawa A menjadi B yang terjadi secara spontan (tanpa enzim), maka disini terjadi hal-hal sebagai berikut. Pada molekul A pada suhu tertentu terdapat energi kinetik rata-rata tertentu. Meskipun sebgaian besar molekul mempunyai energi Idnetik rata-rata, beberapa molekul ada yang mempunyai energi kinetik lebih tinggi dan atau lebih rendah dari energi kinetik rata-rata tersebut akibat molekul–molekulnya saling bertumbukan.
Karena reaksi perubahan A menjadi B secara spontan, energi kinetik rata-rata molekul A lebih tinggi dari energi kinetik rata-rata B. Karenanya molekul-molekul A yang kaya energi mampu bereaksi dan diubah untuk menjadi molekul B. Energi di atas rata-rata yang diperlukan untuk bereaksi dan diubah menjadi B disebut energi aktivasi.
Enzim bekerja menurunkan energi aktivasi suatu reaksi. Sehingga bila perubahan molekul A ke B di sertai enzim, akan menyebabkan A lebih banyak berubah menjadi B. Enzim meningkatkan kecepatan reaksi keseluruhan tanpa mengubah suhu reaksi.
Dalam proses enzimasi, enzim dan substrat berkombinasi sementara membentuk kompleks enzim substrat. Terbentuknya kompleks enzim substrat dihipotesakan oleh Fischer bahwa tempatnya enzim dan substrat terjadi persatuan yang kaku seperti kunci dan anak kunci. Substrat adalah kunci yang bentuknya komplemen dan enzim adalah anak kunci.
Bagian enzim tempat substrat berkombinasi disebut tempat aktif. Setelah kompleks enzim - substrat terbentuk, kompleks diaktifkan membentuk hasil reaksi yang berbeda dengan substrat asal. Hasil yang terbentuk tidak sesuai lagi dengan tempat aktif enzim, mereka lalu dilepas, dan tempat aktif tersebut siap menerima molekul substrat yang baru.
Berbeda dengan susunan tempat aktif yang kaku, Koshland menggambarkan bahwa enzim dan tempat aktifhya merupakan struktur yang secara fisik lebih fleksibel. Antara enzim dan substrak terjadi interaksi dinamis.
Jika substrat substrat berkombinasi dengan enzim, substrat menginduksi perubahan-perubahan dalam struktur (konfirmasi) tempat aktif enzim, sehingga fungsi katalisis enzim berlangsung efektif. Teori ini disebut hipotesis induced fit (hipotesis sesuai terinduksi).
