Klasifikasi virus berdasarkan struktur tubuhnya dibedakan menjadi :
a). Virus sederhana : memiliki kapsid + materi genetik (nukleokapsid). Misalnya adenovirus dan papiloma
b). Virus berselubung : memiliki kapsid + materi genetik + membran (envelope). Misalnya = HIV dan herpesvirus.
d). Virus kompleks : memiliki bentuk yang khusus. Misalnya: bakteriofage.
Klasifikasi virus berdasarkan tipe asam nukleat penyusun tubuhnya dibedakan menjadi dua yaitu :
a). Virus DNA yaitu virus yang susunan asan nukleatnya terdiri dari DNA saja. Contoh: Adenoviridae, Herpesviridae, Hepadnaviridae, Papovaviridae, Parvoviridae, Poxviridae.
b). Virus RNA yaitu virus yang susunan asan nukleatnya terdiri dari RNA saja. Contoh: Picornaviridae, Caliciviridae, Togaviridae, Flaviridae, Coronaviridae, Rhabdoviridae, Paramyxoviridae, Reoviridae, Retroviridae, Orthomyxoviridae, Bunyaviridae, Arenavirid.
Berdasarkan jenis sel inangnya, virus diklasifikasikan dalam empat kelompok, yaitu virus bakteri, virus mikroorganisme eukariotik, virus tumbuhan, dan virus hewan termasuk manusia.
a). Virus bakteri. Virus bakteri adalah virus yang sel inangnya adalah sel bakteri. Virus bakteri disebut juga dengan bakteriofage atau fage (Latin, phage = memakan). Virus bakteri mengandung materi genetik berupa DNA. Contoh virus bakteri adalah bakteriofage T4 virus yang menyerang bakteri Escherichia coli. Eschericia coli adalah bakteri yang hidup pada saluran pencernaan manusia.
b). Virus mikrorganisme eukariot. Virus mikroorganisme eukariot adalah virus yang sel inangnya adalah mikroorganisme yang tergolong eukariot, seperti Protozoa dan Fungi. Virus ini terutama mengandung RNA. Virus yang menyerang jamur disebut Mycovirus.
c). Virus tumbuhan. Virus tumbuhan adalah virus yang sel inangnya adalah sel tumbuhan. Virus tumbuhan sebagian besar mengandung RNA. Contohnya virus mosaik tembakau (Tobacco mosaic virus/TMV).
d). Virus hewan. Virus hewan adalah virus yang sel inangnya adalah sel hewan atau sel manusia. Virus hewan mengandung DNA atau RNA. Contohnya adalah virus kaki dan mulut pada ternak, serta virus herpes (Herpesvirus) pada manusia.
Klasifikasi virus mengikuti ICTV (International Committe on Taxonomy of Viruses = Komite Internasional untuk Taksonomi Virus). Klasifikasi virus hanya terbagi dalam tiga tingkat takson, yaitu famili, genus, dan spesies.
Nama famili virus diakhiri dengan viridae, sedangkan nama genus diakhiri virus. Nama spesies menggunakan bahasa Inggris dan diakhiri dengan virus. Saat ini, jenis virus yang sudah terindentifikasi sekitar dua ribu spesies. Contoh klasifikasi berdasarkan sistem ICTV pada virus penyebab AIDS sebagai berikut.
Famili : Retroviridae
Genus : Lentivirus
Spesies : Human immunodeficiency virus (HIV)
