Ada dua aspek yang dapat dikaji dalam proses pertumbuhan dan perkembangan pada tumbuhan yaitu (1) aspek morfologi dan anatomi, (2) aspek fisiologi dan biokimia. Pada aspek morfologi dan anatomi kita dapat mengkaji perubahan-perubahan struktur yang terjadi, yang terlihat selama proses perkembangan tumbuhan. Kita akan sangat sukar memahami perkembangan tanpa mempelajari proses fisiologi dan biokimia.
Proses fisiologi dan biokimia ini sangat menentukan perubahan morfologi suatu organisme sehingga aspek fisiologi dan biokimia merupakan subjek utama dalam mempelajari bidang ilmu yang sekarang lebih dikenal dengan istilah morfogenesis. Morfogenesis ini mempelajari perubahan-perubahan bentuk dan struktur yang proses pengontrolannya melibatkan perubahan fisika dan kimia sehingga morfogenesis lebih tepat disebut sebagai fisiologi dan biokimia perkembangan. Beberapa faktor yang mempengaruhi perkembangan tumbuhan adalah sebagai berikut:
a. Faktor internal : yaitu faktor yang melibatkan hormon, yang akan mengontrol pertumbuhan dan perkembangan tumbuhan.
b. Faktor Lingkungan : Faktor ini merupakan faktor luar yang erat sekali hubunganaya dengan proses perkembangan. Termasuk ke dalam faktor ini adalah panjang pendeknya hari, suhu, nutrisi, dan lain-lain.
Perkembangan merupakan hasil gabungan interaksi antara potensi genetik dengan lingkungan. Genetik merupakan sumber informasi yang dimiliki oleh sel dari suatu organisme, yang mengontrol aktivitas fisiologi dan biokimia di dalam sel sejalan dengan arah perkembangaunya. Tetapi potensi genetik ini hanya akan berkembang apabila ditunjang oleh lingkungan yang cocok yang memberikan fasilitas kepada organism dalam melaksanakan aktivitasnya. Jadi karakteristik yang ditampilkan oleh tumbuhan, ditentukan baik oleh genetik maupun lingkungan secara bersama-sama.
Sebagai contoh misalnya hilangnya klorofil dari tumbuhan dapat disebabkan oleh faktor genetik maupun lingkungan. Walaupun secara genetik tumbuhan mampu mensintesis klorofil, tetapi apabila lingkungannya tidak menunjang, misalnya tidak terdapat cahaya atau tidak menyediakan mineral yang diperlukan untuk pembentukan klorofil, maka klorofil tidak akan terbentuk. Sebaliknya meskipun lingkungan telah menyediakan segala kebutuhan untuk sintesis klorofil, tetapi secara genetik tumbuhan tersebut tidak mampu membentuk klorofil (missal jamur), maka klorofil tersebut tidak akan terbentuk. Genetik mengontrol pembentukan enzim-enzim yang diperlukan dalam sintesis klorofil.
