Banyak substrat asing menghambat pengaruh/kerja katalisis enzim. Senyawa tersebut dapat berupa zat anorganik (beberapa kation logam) atau senyawa organik, senyawa asing ini disebut inhibitor enzim.
Inhibitor enzim dibedakan menjadi dua yaitu : inhibitor kompetitif dan inhibitor non kompetitif. Inhibitor kompetitif umumnya mempunyai struktur hampir sama dengan substrat, sehingga mampu bersaing berikatan dengan tempat aktif enzim. Apabila hal ini terjadi makalaju reaksi ensinasi akan menurun. Upaya mengatasinya dapat dengan penambahan lebih banyak substrat asli. Contoh malonat terhadap kerja enzim suksianat dihidrogenase.
Inhibitor non-kompetitif tidak mempunyai struktur yang serupa dengan substrat, dan dapat membentuk kompleks enzim inhibitor pada tempat yang bukan tempat aktif enzim. Inhibitor ini menyebabkan adanya perubahan struktur enzim, sehingga walaupun substrat asli berikatan dengan enzim, katalisis tidak dapat berlangsung, contoh sianida yang mengjkat ion Fe pada sitokrom.
