Produksi nata de kakao dapat dilakukan dalam skala rumah tangga atau skala industri kecil. Bagian yang dapat digunakan untuk membuat nata de kakao adalah pulpa kakao. Bagian ini berupa lapisan yang menyelubungi biji kakao basah. Pulpa ini harus diencerkan dalam air bersih sebelum digunakan untuk membuat nata de kakao. Kandungan gula di dalam pulpa yang cukup tinggi (10-15 persen, sisanya berupa air) dapat dimanfaatkan oleh bakteri Acetobacter xylinum untuk membentuk nata.
Bibit nata adalah bakteri Acetobacter xylinum. Bakteri ini berbentuk batang pendek, yang mempunyai panjang 2 mikron dan lebar , micron, dengan permukaan dinding yang berlendir dan biasa membentuk rantai pendek dengan satuan 6-8 sel. Bersifat ninmotil dan dengan pewarnaan Gram menunjukkan Gram negative. Bakteri ini tidak membentuk endospora maupun pigmen. Pada kultur sel yang masih muda, individu sel berada sendiri-sendiri dan transparan. Koloni yang sudah tua membentuk lapisan menyerupai gelatin yang kokoh menutupi sel koloninya. Pertumbuhan koloni pada medium cair setelah 48 jam inokulasi akan membentuk lapisan pelikel dan dapat dengan mudah diambil dengan jarum oase.
Bakteri Acotobacter xylinum ini dapat membentuk asam dari glukosa maupun etil alkohol, tidak membentuk indol dan mempunyai kemampuan mengoksidasi asam asetat menjadi CO2 dan H2O. Sifat yang paling menonjol dari bakteri itu adalah memiliki kemampuan untuk mempolimerisasi glukosa sehingga menjadi selulosa. Selanjutnya selulosa tersebut membentuk matrik yang dikenal sebagai nata. Faktor lain yang dominan mempengaruhi sifat fisiologi dalam pembentukan nata adalah ketersediaan nutrisi, derajat keasaman, temperature, dan ketersediaan oksigen.
Nutrisi untuk bakteri Acotobacter xylinum meliputi unsur karbon dan nitrogen. Karbon penting bagi proses metabolisme bakteri, karbon merupakan unsur paling banyak digunakan untuk menyusun zat-zat organik vital termasuk karbohidarat, lemak, protein, vitamin maupun enzim. Senyawa karbon yang dibutuhkan dalam fermentasi nata berasal dari monosakarida dan disakarida. Sumber dari karbon ini yang paling banyak digunakan adalah gula. Nitrogen diperlukan dalam pembentukan protein yang penting pada pertumbuhan sel dan pembentukan enzim. Kekurangan nitrogen menyebabkan sel kurang tumbuh dengan baik dan menghambat pembentukan enzim yang diperlukan sehingga proses fermentasi dapat mengalami kegagalan atau tidak sempurna. Nitrogen yang digunakan untuk pembuatan nata umumnya adalah pupuk ZA yang relatif murah dan cenderung asam dibandingkan urea.
Acetobacter xylinum dapat tumbuh pada pH 3,5 – 7,5, namun akan tumbuh optimal bila pH nya 4,3 sehingga media pembuatan nata harus memiliki pH yang sedikit asam. Asam asetat atau asam cuka dapat digunakan untuk menurunkan pH atau meningkatkan keasaman air kelapa. Asam asetat yang baik adalah asam asetat glacial (99,8%). Asam asetat dengan konsentrasi rendah dapat digunakan, namun untuk mencapai tingkat keasaman yang diinginkan yaitu pH 4,3 dibutuhkan dalam jumlah banyak. Selain asan asetat, asam-asam organik dan anorganik lain bisa digunakan.
Faktor lain yang juga penting bagi pertumbuhan bakteri Acetobacter xylinum adalah suhu dan ketersediaan oksigen yang cukup. Suhu ideal bagi pertumbuhan bakteri Acetobacter xylinum berkisar 28°– 31°C. Suhu seperti ini adalah suhu relatif ruangan sehingga dalam pembuatan nata bisa dilakukan dalam ruangan. Oksigen yang sangat diperlukan bakteri Acetobacter xylinum dapat diperoleh dari penutup media yang tidak kedap udara tetapi mencegah kontaminasi bakteri atau partikel yang ada di udara. Penutup media yang digunakan dapat berupa koran maupun kain.
Bakteri Acetobacter xylinum mengalami pertumbuhan sel. Pertumbuhan sel didefinisikan sebagai pertumbuhan secara teratur semua komponen di dalam sel hidup. Bakteri Acetobacter xylinum mengalami beberapa fase pertumbuhan sel yaitu fase adaptasi, fase pertumbuhan awal, fase pertumbuhan eksponensial, fase pertumbuhan lambat, fase pertumbuhan tetap, fase menuju kematian, dan fase kematian.
Apabila bakteri dipindah ke media baru maka bakteri tidak langsung tumbuh melainkan beradaptasi terlebih dahulu. Pada fase terjadi aktivitas metabolismedan pembesaran sel, meskipun belum mengalami pertumbuhan. Fase pertumbuhan adaptasi dicapai pada 0-24 jam sejak inokulasi. Fase pertumbuhan awal dimulai dengan pembelahan sel dengan kecepatan rendah. Fase ini berlangsung beberapa jam saja. Fase eksponensial dicapai antara 1-5 hari. Pada fase ini bakteri mengeluarkan enzim ektraselulerpolimerase sebanyak-banyaknya untuk menyusun polimer glukosa menjadi selulosa (matrik nata). Fase ini sangat menentukan kecepatan suatu strain Acetobacter xylinum dalam membentuk nata.
Proses terbentuknya nata adalah melalui beberapa tahapan yang kompleks. Fermentasi diawali sel-sel Acetobacter xylinum mengambil glu-kosa dari larutan gula, kemudian digabungkan dengan asam lemak membentuk prekursor pada membran sel, kemudian keluar bersama-sama enzim yang mempolimerisasikan glukosa menjadi selulosa diluar sel. Prekursor dari polisakarida tersebut adalah GDP-glukosa. Pembentukan prekursor ini distimulir oleh adanya katalisator seperti Ca2+, Mg2+. Prekursor ini kemudian mengalami polimerisasi dan berikatan dengan aseptor membentuk selulosa.
Fase pertumbuhan lambat terjadi karena nutrisi telah berkurang, terdapat metabolic yang bersifat racun yang menghambat pertumbuhan bakteri dan umur sel sudah tua. Pada fsae in pertumbuhan tidak stabil, tetapi jumlah sel yang tumbuh masih lebih banyak dibandingkan jumlah sel mati. Fase pertumbuhan tetap terjadi keseimbangan antara sel yang tumbuh dan yang mati. Matrik nata lebih banyak diproduksi pada fase ini. Fase menuju kematian terjadi akibat nutrisi dalam media sudah hamper habis. Setelah nutrisi harbis, maka bakteri akan mengalami fase kematian dan nata pada saat ini sudah terbentuk. Pada fase kematian sel dengan cepat mengalami kematian. Bakteri hasil dari fase ini tidak baik untuk strain nata.
Setelah 8-12 hari, lapisan nata yang terbentuk diambil kemudian dicuci dan direndam dalam air bersih selama satu malam. Air rendaman lalu dibuang dan nata dipotong- potong seukuran dadu atau sesuai selera. Potongan nata lalu direbus dalam air hingga tiga kali atau sampai air rebusan tidak asam lagi. Nata yang telah netral kemudian direbus dalam air gula (20-30%) dan selanjutnya dapat langsung dikonsumsi. Jika nata akan dipasarkan, nata dapat dikemas dalam kantong plastik atau gelas plastik tertutup rapat agar tidak terkontaminasi dengan bahan lain dari luar. Untuk memberi variasi rasa dan aroma pada nata de cacao, air gula dapat ditambah pencita rasa seperti vanili atau daun pandan, atau dapat pula diganti dengan air sirup.
