Endomikoriza sungguh menarik perhatian, karena fungi tidak mungkin untuk berkembang tanpa tumbuhan inang, dan biasanya fungi dari kelompok Zygomycetes. Ini merupakan hubungan hifa fungi yang masuk ke sel kortek tanaman, kemudian tumbuh dalam sel/intraseluler dan membentuk gumpalan (lilitan), sehingga membentuk pembengkakan.
Endomikoriza, tidak membentuk suatu selubung luar tetapi di dalam sel-sel akar (intraseluler) dan membentuk hubungan langsung dengan tanah dan sekitarnya. Hifa jamur memasuki sel tanaman inang karena menerobos jaringan inang. Inang yang terlibat dalam asosiasi endotrofik mungkin termasuk Phycomycetes (memiliki hifa tidak bersekat). Contohnya pada anggrek. Anggrek memiliki endomikoriza. Contoh spesies angrek lain dari genus Neottia, Limodorum, Epipogen, Coralliorhiza, Galeola, Vanilla, Gastrodia, Didymoplexis bergantung dengan jamur, namun hanya dalam tahap awal kehidupannya.
Apabila berkecambah, biji anggrek menjadi terinfeksi oleh hifa dari dalam tanah, setelah penetrasi jamur muncul dalam sel-sek korteks dalam bentuk kumparan, memnyebabkan pembengkakan dan disorganisasi sel-sel dan akhirnya mengalami disintegrasi dalam sel-sel inang. Disintegrasi hifa didalam sel ini juga disebut “tolifopagi” dan “ptiofopagi” yang merupakan cara pencernaan oleh inang yang berbeda-beda. Dan proses ini mungkin terus berlangsung karena sel inang sudah terinfeksi. Infeksi hanya terbatas pada sel-sel korteks akar atau pada bagian system perakaran.
Jamur dapat memecah lignin dan seluosa dan karena ikut menyumbang dalam pembusukan bahan organic. Dalam hal ini, jamur tersebut berbeda dengan jamur ektomikoriza yang tergantung dengan inangnya dalam hal nutrisi karbonnya. Anggrek bergantung pada jamur untuk kebutuhan-kebutuhan awal kehidupannya.
Mikoriza endotrofi dijumpai pada tanaman gandum, jagung, buncis, jeruk dan tanaman komersial lain serta jenis rumput-rumputan tertentu. Terdapat bukti bahwa, pada lingkungan tumbuhan, Mikoriza dapat meningkatkan persaingan antar tubmbuhan tersebut. Pada lingkungan yang basah Mikoriza dapat meningkatkan nutrisi, khususnya ketersediaan fosfat. Sedangkan pada daerah yang kering/gersang, Mikoriza membantu dalam pengambilan air, peningkatan transpirasi, dibandingkan dengan tanpa adanya Mikoriza pada tumbuhan. Dan ini akan memberikan manfaat dalam penggantian energi yang diperlukan untuk fotosintesis tumbuhan……...........dst)
