Ilmu taksonomi dimulai jauh sebelum teori evolusi diterima dan sesungguhnya pendiri-pendiri taksonomi ilmiah, Ray dan Linnaeus merupakan penganut paham bahwa spesies itu tidak akan mengalami perubahan.
Ahli-ahli taksonomi sekarang menekankan penamaan dan uraian (deskripsi) spesies sebagai cara menemukan atau menjelaskan hubungan evolusi. Hal ini berdasarkan anggapan bahwa derajat persamaan tersebut merupakan derajat kekerabatan. Ciri-ciri organisme hidup adalah sedemikian rupa, sehingga dapat dimasukkan dalam suatu skema penggolongan hirarkis yang masing-masing lebih terinci dibandingkan sebelumnya, spesies, genus, ordo, class dan filum.
Ini dapat dijelaskan paling baik sebagai bukti dari hubungan evolusi. Jika jenis-jenis hewan dan tumbuhan bukan merupakan kerabat karena keturunan evolusioner, maka ciri-cirinya akan mempunyai pola yang kacau dan acak sehingga tidak dapat dibentuk hirarki dalam bentuk skema seperti yang dipelajari dalam taksonomi.
Dari taksonomi dapat diketahui bahwa hewan dan tumbuhan dapat dispesifikasikan dalam berbagi tingkatan, mulai spesies sampai filum. Pengelompokan didasarkan atas kesamaan karakteristik secara umum, tingkatan hirarki dan perbedaan-perbedaan pada organ-orgen tertentu. Hal ini dapat dilakukan sehubungan dengan adanya suatu perbedaan yang gradual. Perbedaan itu menunjukkan keteraturan.
Penggolongan ini juga dimungkinkan karena adanya suatu mata rantai yang hilang yang disebut missing link. Hilangnya tingkatan tertentu ini mungkin disebabkan adanya kepunahan dari spesies tersebut.
