Setiap spesies hewan berasal dari satu zigot. Zigot adalah telur yang sudah dibuahi. Namum, setiap spesies selalu melalui suatu tahapan embrio dengan ciri-ciri yang sama. Bukti embrio menjadi penting evolusi karena perkembangan embrio merupakan pengulangan sejarah evolusi binatang.
Ontogeni adalah perkembangan individu suatu spesies mulai dari telu sampai dewasa. Filogeni adalah perkembangan spesies dalam proses evolusinya. Pada tahap-tahap tertentu, embrio spesies mengulangi evolusi nenek moyangnya. Dengan kata lain, ontogeni merupakan rekapitulasi runutan peristiwa evolusi dalam filogeni.
Sebagai contoh, adanya ekor pada tingkat awal embrio manusia menunjukkan adanya suatu pengulangan dari nenek moyangnya. Catatan fosil menunjukkan bahwa vertebrata air bernapas dengan insang. Bentuk kehidupan ini sudah ada sebelum adanya bentuk kehidupan darat yang bernapas dengan paru-paru.
Berdasarkan waktu urutan kemunculan hewan, mulai dari ikan, amfibia, reptilia, burung sampai mamalia. Amfibia mewakili fase tranisi. Hal ini ditandai adanya perubahan struktur respirasi air menjadi respirasi darat. Persamaan bentuk embrio terdapat juga pada manusia, babi, salamander dan ikan, yaitu pada stadium perkembangan celah insang. Pada fase ini, tangan dan kakinya masih berupa tonjolan dan hanya suatu organ spesifik.
