Perbedaan-perbedaan yang memisahkan satu spesies dari spesies lainnya adalah dalam analisis terakhir yaitu genetika, yaitu terkait gen-gen dalam kromosom. Lalu jika kita percaya bahwa semua semua spesies pada suatu saat mempunyai suatu moyang yang sama, dapatkah kita menemukan homologi dalam struktur kromosom seperti yang kita temukan pada struktur kerangka dan protein?
Semakin dekat hubungan dua spesies, berdasarkan kriteria-kriteria seperti organ-organ homolog, semakin mirip kariotipenya. Kariotipe simpanse dan kariotipe orang utan praktis tak dapat dibedakan, kecuali jumlah kromosomnya yang 48 berbeda dengan kromosom manusia yang berjumlah 46, sangat mirip dengan kariotipe manusia.
