Teori dasar mengenai bukti-bukti evolusi berdasarkan anotomi perbandingan adalah bahwa semua hewan sama, tersusun oleh sel dengan banyak gambaran umum. Jika setiap spesies diciptakan terpisah, hewan bervariasi atau beragam dalam struktur tanpa pola yang konsiten dan tanpa korelasi antara organ-organ yang mempunyai fungsi-fungsi sama. Namun, hewan-hewan yang sekarang ada mempunyai sistem organ yang sama untuk sistem rangka, peredaran darah, percernaan, ekskresi, dan fungsi lainya yang penting.
Contoh kesamaan struktur anggota gerak bagian depan adalah kesamaan pada sayap burung dengan kelelawar, sirip ikan, dengan lumba-lumba, dan kaki depan kuda. Contoh-contoh diatas memperlihatkan bahwa anggota gerak yang serupa tersebut berasal dari bagian yang sama , walaupun digunakan dalam fungsi yang berbeda. Sayap burung digunakan untuk terbang dan sirip ikan untuk berenang. Organ-organ yang memiliki kesamaan struktur, seperti yang telah disinggung diatas, disebut organ Homolog (homologi).
Jadi organ homolog (homologi) adalah Struktur dasarnya mengalami perkembangan sehingga menimbulkan variasi. Sebaliknya, organ yang struktur dasarnya berlainan tetapi mempunyai fungsi yang sama disebut organ analog (analogi). Contoh organ analog adalah sayap serangga dan sayap bururng. Kedua organ tersebut sama-sama digunakan untuk terbang tetapi struktur dasarnya berbeda.
Disamping itu di alam juga terdapat organ-organ homolog pada beberapa hewan yang tidak jelas fungsinya. Organ seperti ini sering disebut dengan istilah organ vestigial. Organ vestigial adalah organ yang menyusut atau hanya memiliki sebagian fungsi dari organ homolog dari spesies lain yang berkembang baik. Pembedahan pada beberapa Boa constrictor (sejenis ular) dan paus mengungkapkan adanya tulang-tulang yang diduga homolog dengan tulang-tulang pinggul vertebrata yang lainnya. Tampaknya struktur-struktur tersebut tidak berfungsi.
Jika semua spesies diciptakan secara khusus, maka hal ini merupakan perencanaan yang kurang baik untuk memasukkan bagian-bagian organ yang tidak berfungsi. Sebaliknya jika kita mengganggap bahwa ular dan paus berkembang dari moyang berkaki empat maka kita dapat mengerti mengapa sisa-sisa peninggalan evolusi mereka masih ada.
Juga manusia mempunyai organ vestigial demikian. Leburan tulang belakang yang menyusun bagian bawah tulang belakang manusia dianggap sebagai sisa vestigial dari ekor yang dimiliki moyang kita. Kenyataanya kadang-kadang ada bayi lahir dengan ekor pendek. Akan tetapi ekor tersebut dapat dibuang dengan mudah dan cepat.
