Berikut akan diuraikan secara singkat perbedaan pokok antara respirasi aerob dengan respirasi anaerob :
1). Respirasi aerob menggunakan molekul oksigen sedangkan pada respirasi anaerob tidak menggunakan oksigen.
2). Pada respirasi aerob prosesnya membongkar glukosa menjadi karbondioksida (CO2) dan air (H2O). Sedangkan pada respirasi anaerob prosesnya membongkar glukosa menjadi triosa dan molekul persenyawaan organik lainnya.
3). Pada respirasi aerob dapat menjerat sekitar 50% dari energy kimia yang terdapat dalam molekul glukosa. Sedangkan pada respirasi anaerob dapat menjerat energy kimia hanya sedikit.
4). Respirasi aerob berlangsung pada hampir seluruh makhluk hidup. Sedangkan respirasi anaerob berlangsung dalam sel mikroorganisme, embrio dan sel-sel neoplasmik (jaringan baru yang ditambahkan pada kondisi patologik).
5). Enzim yang berperan dalam respirasi aerob terdapat dalam mitokondria. Sedangkan pada respirasi anaerob enzim yang berperan terdapat pada sitoplasma.